Bronkoskopi dapat digunakan untuk mendiagnosis kelainan saluran pernapasan dan paru-paru. Jika Anda mengalami batuk kronis, atau batuk berdarah, dokter dapat melakukan bronkoskopi untuk melihat bagian dalam saluran pernapasan Anda, dan mengevaluasi gejala paru-paru Anda. Pemeriksaan ini dapat juga digunakan apabila terjadi infeksi paru-paru (misalnya, tuberkulosa), kanker paru-paru, atau diduga terdapat jaringan parut pada paru-paru setelah pemeriksaan dengan Sinar-X. Selain itu, apabila diduga ada kelainan paru-paru, bronkoskopi memungkinkan spesimen jaringan paru-paru diambil dari bagian dalam paru-paru dengan menggunakan biopsi atau Bilas bronkoalveolar.
Bronkoskopi juga memiliki tujuan terapeutik. Contohnya, bronkoskopi dapat digunakan untuk mengangkat cairan atau lendir, atau benda asing yang mungkin ada, yang dapat menggangu saluran pernapasan Anda. Teknik ini juga dapat digunakan untuk memasukkan stent untuk memperlebar saluran pernapasan yang sempit. Selain itu, juga membantu penggunaan pengangkatan tumor dengan laser.