Nội soi phế quản có thể được sử dụng để chẩn đoán các bất thường ở đường thở và bất thường ở phổi. Nếu bạn bị ho mạn tính hoặc ho ra máu, bác sĩ có thể thực hiện nội soi phế quản để quan sát bên trong đường thở và từ đó đánh giá tình trạng phổi của bạn. Phương pháp kiểm tra này cũng có thể được sử dụng khi nghi ngờ bị nhiễm trùng phổi (ví dụ như lao), ung thư phổi hoặc sẹo phổi sau khi chụp X quang. Khi nghi ngờ có bất thường ở phổi, phương pháp nội soi phế quản cho phép thu thập các mẫu bệnh phẩm trong phổi bằng cách sử dụng lấy sinh thiết hoặc rửa phế quản-phế nang.
Nội soi phế quản cũng được dùng cho mục đích điều trị, ví dụ: nội soi phế quản có thể được sử dụng để loại bỏ dịch hoặc chất nhầy, hoặc các dị vật có thể có đang chặn đường thở của bạn. Nội soi phế quản cũng có thể được sử dụng để luồn stent nhằm mục đích nong đường thở bị hẹp. Nội soi phế quản cũng hỗ trợ việc sử dụng laser để cắt bỏ u.