儿外科手术可用来管理及治疗各种需要手术干预的儿童问题和病症。儿外科医生可协同放射科医生对子宫里的胎儿进行产前超声波检查，以诊断任何胎儿畸形问题。根据检查结果而定，他们可规划修复手术并为胎儿的父母提供教育课程。儿外科医生也可对患病或高危险的新生儿进行新生儿手术，并可修复任何可能威胁生命的先天性缺陷。
儿童可能遭受需要手术干预的外伤，或可能患有良性和恶性肿瘤而需要通过手术治疗将肿瘤切除。其他常见的儿外科手术包括耳鼻喉科手术，例如扁桃腺切除手术以及在耳中置入耳管的手术等等。儿外科医生也会与其他专科医生合作治疗肾脏、脾脏和胃肠道畸形，以及进行其他各种儿外科手术。