Bác sĩ có thể khuyến nghị thực hiện kiểm tra bằng EUS để đánh giá và chẩn đoán nguyên nhân gây đau bụng dai dẳng hoặc sút cân bất thường. Phương pháp này cũng có thể được sử dụng để xác định giai đoạn ung thư, kiểm tra sỏi mật hoặc u gan và nghiên cứu các tình trạng tăng sinh bất thường khác trong ống mật.
Các bác sĩ cũng sử dụng EUS để đánh giá các bệnh gây ảnh hưởng đến tụy, bao gồm viêm tụy mạn tính, và để phát hiện nguyên nhân dẫn đến đại tiện không tự chủ (mất khả năng kiểm soát việc đại tiện).
EUS còn cho phép nghiên cứu các u bướu hoặc tổn thương đã được chẩn đoán từ trước. Bác sĩ có thể sử dụng kỹ thuật nội soi để thu thập mẫu mô nhằm kiểm tra các u bướu và tổn thương này, qua đó đánh giá được nguồn gốc của chúng và lựa chọn phương pháp điều trị tốt nhất.